داستان 2 طلبه جوان است که می خواهند برای شرکت در سمیناری دانشگاهی پیرامون ادیان به آلمان بروند اما رییس حوزه علمیه آن ها که حاج آقا فراستی نام دارد، راه سفر را بر آن ها سد می کند. طلبه های جوان با اغفال حاج آقا فراستی، ویزایی هم برای او می گیرند و وی را با خود به آلمان می برند و…
روایت کلی این فیلم پیرامون اتفاقات بعد از پایان جنگ ایران و عراق در سال 1367 و عملیات مرصاد است.نیروهای امنیتی ایران متوجه حضور نفوذی‌های سازمان مجاهدین خلق در جبهه می‌شوند. با ارسال دو مأمور امنیتی به بغداد می‌خواهند قبل از شروع عملیات فروغ جاویدان، عباس زریباف فرمانده این عملیات را ترور کنند. اما داستان طور دیگری رقم می‌خورد...
قصه فیلم سوء تفاهم ماجرای یک گروگان‌گیری است که همه چیز در متن واقعیت پیش می‌رود اما با گذشت زمان این شبهه پیش می‌آید که این حادثه بیشتر شبیه یک «سوء تفاهم» یا توهم است؛ و اما در متن توهم هنوز عناصری از واقعیت به چشم می‌آید. همزمان با گسترش این ابهام، ماجرای گروگان‌گیری نیز به پیش می‌رود و…
راحیل یک جراح است و همسرش را در حین عمل جراحی از دست داده‌است. او تصمیم می‌گیرد تا جنازه همسرش را بدزدد و او را طبق وصیتش در یک روستای دور افتاده، در کنار پدر و مادرش به خاک بسپارد، کاری که خانوادهٔ همسر با آن موافق نیست. راحیل در میانهٔ راه با ملک الموت روبرو می‌شود و می‌فهمد که دیگر فرصتی برای انجام خواستهٔ همسرش ندارد. اما ملک الموت به جای قبض روح راحیل، عاشق او می‌شود و …
یدالله (فرهاد اصلانی) در یک تیمارستان کار می‌کند و به تازگی بخاطر فوت همسرش تنها شده. در همین حال دلارام (نورگل یشیلچای) که در تیمارستان بستری است برای دیدن فرزندش از یدالله کمک می‌خواهد. یدالله یک سال است زنش را از دست داده و حالا غمگین است. او شب‌ها در خانه بزرگ و قدیمی‌اش تنهاست تا این که اتفاق جدیدی برایش رخ می‌دهد...
