داستان فیلم پنج سال بعد از ماجراهای گودزیلا: سلطان هیولاها (فیلم ۲۰۱۹) و بعد از گذشت ۵۸ سال از وقایع فیلم کونگ: جزیره جمجمه جریان دارد. کونگ هماکنون توسط مونارک در گنبدی غول پیکر در جزیره جمجمه تحت نظارت آلین اندروس و دختر بچه ای کر و لال که از طریق زبان اشاره با کونگ ارتباط برقرار میکند، کنترل میشود. در این بین شرکتی با نام ایپکس سایبرنتیک قصد دارد به زیستبومی باستانی در زیر زمین که به عنوان زمین تو خالی معرفی میشود، وارد شود. تلاش آنها برای ورود به این مکان بینتیجه بوده و آنها نتوانستند که از بعد میان زمین و زمین خالی عبور کنند. شخصی با نام والتر سیمونز (صاحب شرکت ایپکس سایبرنتیک) از شخصی با نام دکتر نیتن لیند (از اعضای سابق مونارک) میخواهد تا کونگ را به قطب جنوب برده تا با استفاده از او به زمین تو خالی راه پیدا کنند. دکتر لیند ابتدا مردد است چون برادر او در جریان همین عملیات ورود به دنیای تو خالی، بر اثر یک جاذبه معکوس کشته شده بود